Semasa bersemaraknya konfrantasi Indonesia, komunis mengambil kesempatan untuk memulihkan kekuatannya dengan merekrut orang-orang baru dan menghantar kader-kadernya menjalani latihan di Indonesia. Setelah merasakan dirinya telah kembali kuat dan ditambah pula dengan perkembangan yang semakin menggalakkan di Indochina berikutan dengan kejayaan demi kejayaan puak Vietcong, PKM dengan semangat barn telah melancarkan pemberontakan bersenjatanya yang kedua pada tahun 1968, dan ini diikuti kemudiannya oleh Parti Komunis Kalimantan Utara (PKKU) dalam tahun 1969.
Oleh kerana berlakunya pergeseran sesama sendiri, Parti Komunis Malaya kemudiannya berpecah kepada tiga iaitu PKM asal (2) Parti Komunis Marxist Leninst dan (3) Parti Komunis Malaya Kumpulan Revolusi.
Gugatan komunis kali kedua ini tidak kurang hebatnya. Mereka bukan sahaja menghebatkan peperangan gerila di hutan Semenanjung, Sabah dan Sarawak, tetapi juga bertindak dengan ganas dengan membunuh pegawai-pegawai polis dan tentera termasuklah membunuh Ketua Polis Negara Tan Sri. Abd. Rahman Hashim dan Ketua Polis Perak Tan Sri Khoo Chong Kong. Mereka juga melakukan sabotaj dengan mengebom Tugu Negara dan tuba menggagalkan projek Lebuh Raya Timur Barat dengan memusnahkan kelengkapan pembinaan bernilai kira-kira sepuluh juta ringgit.
Kegagalan masa lalu belum mematikan semangat saki bald PKM dan PKKU untuk terns memberontak. Di samping penekanan perjuangan secara ketenteraan, mereka juga meneruskan strategi barisan bawah tanah dan juga barisan bersenjata.
Mereka juga berusaha untuk meningkatkan sokongan orang Melayu kerana mereka telah sedar bahawa tanpa sokongan orang Melayu perjuangan mereka tidak akan berjaya. Justeru itu mereka menubuhkan sebuah parti yang dinamakan Parti Persaudaraan (PAPERI) yang tujuannya untuk menarik sokongan dan simpati orang-orang Melayu.
Bila PAPERI gagal untuk mempengaruhi orang-orang Melayu PKM menubuhkan pula Parti Revolusi Nasionalis Melayu Malaya yang berteraskan kepada konsep NASAKOM yang kononnya bermatlamat mahu menyatukan semua tenaga komunis, nasionalis dan agama ke arah menubuhkan apa yang dikatakannya kerajaan Campuran Demokratik.
Namun percubaan komunis di Semenanjung, Sabah dan Sarawak kali ini turut digagalkan. Pasukan Polis dan Tentera memainkan peranan utama untuk memerangi komunis di seluruh pelusuk tanah air sama ada di belantara, di desa dan di Bandar-Bandar. Dengan tindakan ketenteraan yang berkesan pasukan keselamatan telah berjaya membunuh gerila-gerila komunis di hutan dan banyak juga yang tertangkap atau menyerah diri akibat tidak tertahan oleh tekanan pasukan keselamatan. Di samping itu pasukan keselamatan juga (menerusi tindakan Cawangan Khas) berjaya memusnahkan rangkaian barisan bawah tanah komunis dan barisan bersatu yang bergerak di Bandar-Bandar dan di desa-desa. Ini bermakna pasukan polis yang bertanggungjawab untuk menghadapi pemberontakan dalam negeri dengan dibantu oleh tentera berjaya menyelamatkan negara dari jatuh ke tangan komunis.
Kini komunis di negara kita telah lemah tetapi mereka berusaha untuk meneruskan perjuangan mereka dengan strategi baru yang dikenali dengan nama `kembali kepada massa'. Parti Komunis Malaya Marxist-Lennist dan Parti Komunis Malaya Kumpulan Revolusioner telah bersatu pada tahun 1984 dan membentuk parti baru - Parti Komunis Malaysia. Ini bermakna, ada tiga buah parti komunis di Malaysia: PKM pimpinan Chin Peng, Parti Komunis Malaysia dan Pertubuhan Komunis Sarawak.